Kể từ khi Công ước Ramsar có hiệu lực vào năm 1971, khu vực vườn quốc gia ngày nay và vịnh Dollart đã được bảo vệ như là "vùng đất ngập nước có tầm quan trọng quốc tế".

Năm 1979, Hans-Joachim Augst và Holger Wesemüller gửi một báo cáo, phát triển một mô hình quy hoạch dựa trên các cấp độ khác nhau về tầm quan trọng của các khu vực của Biển Wadden cần phải được bảo vệ. Năm 1982, tiểu bang Hạ Sachsen phát triển chương trình đó trong khu vực và thiết lập một vườn quốc gia để bảo vệ khu vực Quần đảo và bờ biển Đông Frisia. Ý tưởng này đã được đưa lên vào năm 1983, khi kế hoạch cho việc thành lập một vườn quốc gia toàn diện bắt đầu. Vào đầu năm 1984, nội các quyết định phê duyệt các và ngày 1 tháng 1 năm 1986, vườn quốc gia biển Wadden Hạ Sachsen chính thức thành lập.

Đến năm 1992, toàn bộ vườn quốc gia được UNESCO công nhận là một khu dự trữ sinh quyển thế giới (xem Khu dự trữ sinh quyển biển Wadden Hạ Sachsen). Đồng thời nó cũng được chỉ định là khu bảo tồn chim đặc biệt theo sự hướng dẫn của Natura 2000, một mạng lưới các khu bảo tồn thiên nhiên của Liên minh châu Âu.

Ban đầu, vườn quốc gia được bảo vệ bởi một quy định năm 1986; quy định này sau đó đã được thay thế vào năm 1999 bởi một Đạo luật. Nhưng đến ngày 11 tháng 7 năm 2001, pháp luật đã được sửa đổi bởi Quốc hội Nhà nước Hạ Sachsen và nhiều khu vực đã bị đưa ra khỏi phạm vi của vườn quốc gia để phát triển du lịch hoặc có quy hoạch thành mục tiêu thấp hơn. Để bù đắp, diện tích biển ở phía trước các hòn đảo Borkum và Baltrum và khu bảo tồn thiên nhiên trước đây ở phần phía đông của Dollart đã được thêm vào vườn quốc gia. Điều này làm diện tích khu vực được bảo vệ từ 240.000 ha tăng lên thành gần 280.000 ha.

Vườn quốc gia biển Wadden Hạ Sachsen được liệt kê bởi IUCN là Loại II, vườn quốc gia.[2] Cần lưu ý rằng, cơ sở dữ liệu toàn cầu về các khu bảo tồn (WDPA) được dựa trên các báo cáo của từng quốc gia và tại thời điểm nhất định. Và rằng việc xác định loại I đến VI phản ánh mục tiêu quản lý các khu bảo tồn, nhưng không phải là một chỉ số thể hiện chất lượng bảo vệ. Cơ quan Môi trường châu Âu (EAP) liệt kê các vườn quốc gia biển Wadden theo Loại V tức là bảo vệ cảnh quan, tương ứng với một khu vực bảo tồn.[3]

Trong năm 2008, Biển Wadden tại bang Hạ Sachsen và Schleswig Holstein đã được đề cử UNESCO công nhận là một Di sản thế giới. Chủ tịch Ủy ban UNESCO tại Đức từ năm 2003, Walter Hirche, cũng từng là Bộ trưởng Kinh tế bang Niedersachsen 2003-2009.

Trước khi đề cử của Biển Wadden là Di sản thế giới của UNESCO, một cuộc kiểm tra được tổ chức bởi một nhân viên cao cấp của IUCN tại Thụy Sĩ vào mùa hè năm 2008, cùng với các đại diện của ngành du lịch khu vực biển Wadden. Ngày 26 tháng 6 năm 2009, biển Wadden đã được công nhận là Di sản Thế giới của UNESCO ở tại phiên họp thường niên của tổ chức này diễn ra ở Sevilla, bao gồm các khu vực biển Wadden tại Hà Lan và vườn quốc gia biển Wadden Schleswig-Holstein. Hamburg và Đan Mạch đã từ chối không cho các khu vực biển Wadden của họ được đề cử. Tuy nhiên, quyết định này phần nào đã được thay đổi khi đến năm 2014, khu vực biển Wadden của Đan Mạch cũng trở thành một phần của Di sản thế giới Biển Wadden.